平成20年4月から実施された長寿医療制度（後期高齢者医療制度）は、今回の改正によって、今まで長寿医療制度の被保険者が、その配偶者や子供の扶養親族となっていた場合には、来年の確定申告や年末調整での社会保険料控除の取扱いに注意が必要となります。
自己又は自己と生計を一にする配偶者やその他の親族の負担すべき社会保険料を支払った者が受けられる所得控除です。
長寿医療制度の保険料は原則として特別徴収（年金からの天引き）とされていました。社会保険料控除が適用できるのは、年金から支払った受給者本人のみとなっています。
従って、従来、配偶者等が負担していた社会保険料については、その負担していた者が受けていた社会保険料控除が適用できなくなりました。
前記の世帯については、税金の負担が増えることから平成20年10月以降の保険料については、制度の一部見直しが行われ、一定の条件を満たした者が市区町村へ手続をすれば、普通徴収（口座振替）により本人以外の者が保険料を支払うことが選択できるようになりました。
次のどちらかに該当する場合に口座振替が選択できます。
| 条件 | 口座振替の口座 | |
| (イ) | 国民健康保険の保険料を2年間滞納せずに納めていた者 | 被保険者本人の口座 |
| (ロ) | 年金収入が180万円未満の者で、世帯主や配偶者に扶養されている者 | 世帯主や配偶者の口座 |
本人以外の者が社会保険料控除の適用が受けられるのは、(ロ)の条件に該当する場合となります。
ここでいう世帯主とは、住民票などに記載されている者となります。親族が世帯主でない場合は、市区町村に世帯主変更の手続きが必要となります。
現在の保険料は軽減措置によって大幅に減額されておりますが、人によっては平成21年度からの保険料が上がりますので、世帯主や配偶者が社会保険料控除の適用を受ける場合には早めの手続きが必要です。なお、口座振替への変更にかかる月数は市区町村により異なります。